隨著調查的深入，黑暗組織逐漸現形，工籐優作因發現組織的龐大而拜託國際刑警插手。
在日本警方及科南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工籐新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要挾其製作縮小藥的解藥。
早已深思熟慮的哀在一天內製作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。
Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團。
科南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看到。
在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：
裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗云云.內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。
因而黑暗組織一直得到政府暗中支援而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。
真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，
從事盜竊工作，而後來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出科南是新一的秘密，交給科南一份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。
科南解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場...
蘭趕到現場，正碰到Gin要科南留遺言。科南對蘭道出真相並表白後Gin開槍，蘭替科南擋下子彈。
哀對此震驚不已...科南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中一同從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺科南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工籐優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍囉大打出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女家Gino的私生子的秘密後自殺。
Cris此時說出自己是美國安插在組織裡的間諜，原來美國也想控制組織。
基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。黑暗組織被偵破，
而解藥只剩下一顆。哀被診斷為腦震盪，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的一乾二淨。
蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。服部建議科南變回新一來喚醒蘭，科南只好如此。
而科南變身時被布美看到。深夜布美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。
優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。
而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道科南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和科南的照片垂淚...
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網路上流傳的《名偵探柯南》大結局十二種 .........
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（一）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，與
小蘭共結連理。後來兩人有了愛情的結晶——一個男孩，
取名為工籐柯南……
（二）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，但
小哀在與黑暗組織的決戰中為掩護新一不幸被琴酒槍殺。
新一與小蘭共結連理，後來兩人有了愛情的結晶——一個
女孩，取名為工籐志保……
（三）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，但
毛利小五郎在與黑暗組織的決戰中壯烈犧牲。新一繼承了
毛利偵探事務所，與小蘭共結連理並改名為毛利新一，後
來與小蘭有了愛情的結晶——一個女孩，取名為毛利洋子
……
（四）小蘭知道了柯南的真實身份後惱羞成怒，用空手道
修理柯南，結果用力過猛釀成無法挽回的悲劇……
（五）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，但
在新一向小蘭告白前夕，小蘭遭遇車禍……
（六）在與黑暗組織的決戰中，小蘭不幸……，志保和新
一遠走高飛……
（七）全體被黑暗組織抓住後亂槍掃射……
（八）全體被黑暗組織抓住後捆住手腳丟到海裡喂鯊魚…
…
（九）柯南在與黑暗組織的決戰中和琴酒同歸於盡……
（十）打敗黑暗組織後，柯南沒能變回來，向小蘭表白身
份後，兩人移居美國治療柯南的侏儒症……
（十一）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，
但小哀因嫉妒用APTX4869給小蘭投毒，並毀掉瞭解葯逃走
，新一隻好服下最後一顆A PTX4869，又變回了柯南……
(十二）柯南終於打敗黑暗組織，但卻無法再恢復成工籐新一，向小蘭說明一切後，兩人灑淚分手……
幾天之後柯南的班上轉來一個很可愛的小女孩，柯南看到她時一下子愣住了（你知道是誰了吧）。
女孩微笑著對柯南說：「我要永遠和你在一起，你再也賴不掉了！」
若干年之後在夏天的海灘上出現了一對年輕的情侶……
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網路流傳的柯南結局超爆笑的啦!尤其是治療侏儒症~
那個人真是太有想像力了~
只不過對於琴酒的死，我超傷心的~歐~我不能接受!!!!!
青山剛昌就是這樣嗎?為什麼反叛角色總是不會有好下場?
應該新一死才對......
算了，在我心中，琴酒活著就好了。
(真希望這個結局是假的......)
在日本警方及科南的協助下幾次阻止了其活動，黑暗組織決定報復。
黑暗組織偷襲了阿笠博士的家，捉住了少年偵探團，並留下了要工籐新一獨自前往營救的暗示。
在黑暗組織的總部，Gin發現了哀的真實身份並以少年偵探團的生命要挾其製作縮小藥的解藥。
早已深思熟慮的哀在一天內製作出解藥和假死丸，並巧妙的將胖子的毒藥換成假死丸。
Gin果然在得到解藥後命胖子殺死阿笠及少年偵探團。
科南迅速揭開暗示之謎，並趕往黑暗組織的總部，而一切被蘭看到。
在蘭的要求下，小五郎和警方對暗示苦思不解，小五郎在睡夢中突發靈感而揭開謎題。
在黑暗總部，組織boss大犬出現，其竟是日本內閣大臣。大犬道出黑暗組織的秘密：
裕仁天皇臨終前留下一份血書，寫有黑暗云云.內閣以為是天皇要建立黑暗組織的遺願。
因而黑暗組織一直得到政府暗中支援而屹立不倒。而時隔數十年組織仍無法真正揭開血書的含義。
Gin給哀服下解藥後告訴胖子釋放哀。對大哥唯命是從的胖子放了哀，突然Gin被槍擊倒。
真正的Gin出現並揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此時說出基德之父其實是組織的特工，
從事盜竊工作，而後來因組織的行動得罪外國而被迫殺其頂罪。
Cris（女教師）道出科南是新一的秘密，交給科南一份血書，要求其揭開血書之謎並以縮小藥的解藥誘惑。
科南解開血書之謎，原來是天皇死前寫下的懺悔和對日本未來的擔憂。大犬立時呆在當場...
蘭趕到現場，正碰到Gin要科南留遺言。科南對蘭道出真相並表白後Gin開槍，蘭替科南擋下子彈。
哀對此震驚不已...科南終於在緊要關頭用麻醉槍射中Gin，而哀與胖子在搏鬥中一同從樓上跌下。
對藥物有強烈抗性的Gin居然轉醒，射殺大犬後欲殺科南。而對coolguy十分欣賞的Cris出手阻攔，兩人都受了重傷。
工籐優作，小五郎和目暮等人趕到，小五郎對組織的小嘍囉大打出手，十分英勇。
在眾人的圍攻下，Gin道出自己的野心和自己身為天皇與美國女家Gino的私生子的秘密後自殺。
Cris此時說出自己是美國安插在組織裡的間諜，原來美國也想控制組織。
基德離去之後眾人急忙將蘭和哀送往醫院，並驚訝的發現哀又變回小孩。黑暗組織被偵破，
而解藥只剩下一顆。哀被診斷為腦震盪，醒來後只記得眾人名字而對其他忘的一乾二淨。
蘭仍昏迷不醒，大夫說若長期昏迷可能變植物人。服部建議科南變回新一來喚醒蘭，科南只好如此。
而科南變身時被布美看到。深夜布美來到病房偷吻了新一後離去，並與光彥，元太約定保守新一的秘密。
蘭終於在新一的悉心照料下康復。由於這件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。
優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。
而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道科南是新一而故意不說破的真相。
夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。
在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和科南的照片垂淚...
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網路上流傳的《名偵探柯南》大結局十二種 .........
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（一）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，與
小蘭共結連理。後來兩人有了愛情的結晶——一個男孩，
取名為工籐柯南……
（二）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，但
小哀在與黑暗組織的決戰中為掩護新一不幸被琴酒槍殺。
新一與小蘭共結連理，後來兩人有了愛情的結晶——一個
女孩，取名為工籐志保……
（三）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，但
毛利小五郎在與黑暗組織的決戰中壯烈犧牲。新一繼承了
毛利偵探事務所，與小蘭共結連理並改名為毛利新一，後
來與小蘭有了愛情的結晶——一個女孩，取名為毛利洋子
……
（四）小蘭知道了柯南的真實身份後惱羞成怒，用空手道
修理柯南，結果用力過猛釀成無法挽回的悲劇……
（五）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，但
在新一向小蘭告白前夕，小蘭遭遇車禍……
（六）在與黑暗組織的決戰中，小蘭不幸……，志保和新
一遠走高飛……
（七）全體被黑暗組織抓住後亂槍掃射……
（八）全體被黑暗組織抓住後捆住手腳丟到海裡喂鯊魚…
…
（九）柯南在與黑暗組織的決戰中和琴酒同歸於盡……
（十）打敗黑暗組織後，柯南沒能變回來，向小蘭表白身
份後，兩人移居美國治療柯南的侏儒症……
（十一）柯南終於打敗黑暗組織並找到恢復身體的方法，
但小哀因嫉妒用APTX4869給小蘭投毒，並毀掉瞭解葯逃走
，新一隻好服下最後一顆A PTX4869，又變回了柯南……
(十二）柯南終於打敗黑暗組織，但卻無法再恢復成工籐新一，向小蘭說明一切後，兩人灑淚分手……
幾天之後柯南的班上轉來一個很可愛的小女孩，柯南看到她時一下子愣住了（你知道是誰了吧）。
女孩微笑著對柯南說：「我要永遠和你在一起，你再也賴不掉了！」
若干年之後在夏天的海灘上出現了一對年輕的情侶……
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網路流傳的柯南結局超爆笑的啦!尤其是治療侏儒症~
那個人真是太有想像力了~
只不過對於琴酒的死，我超傷心的~歐~我不能接受!!!!!
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應該新一死才對......
算了，在我心中，琴酒活著就好了。
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